Applicability of DNA barcoding-based analyses on the diet of the gray brocket deer (Subulo gouazoubira) in xeric hillside forests

Autores/as

  • Mariana Cosse Depto. de Biodiversidad y Genética, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable http://orcid.org/0000-0001-9644-1633
  • Antonella Bruno
  • Natalia Mannise
  • Nadia Bou
  • Maria Zabaleta
  • Mauricio Bonifacino
  • Arley Camargo
  • Pablo Smircich
  • Andrés Iriarte
  • Alejandro Brazeiro

Palabras clave:

Diet, DNA metabarcoding, mammal, neotropical cervids, noninvasive, species identification.

Resumen

En este estudio, exploramos la aplicabilidad de los códigos de barras de ADN, utilizando la región de intrón del cloroplasto trnL (UAA), para analizar la dieta del guazubirá.  Este enfoque ofrece una buena resolución taxonómica y la capacidad de identificar especies con mayor precisión que con los métodos tradicionales basados en análisis microhistológicos de fragmentos vegetales.  El estudio se realizó en la "Reserva Natural Salus" de Uruguay, que presenta distintos tipos de vegetación, incluyendo bosques nativos, plantaciones de pinos y eucaliptos, y afloramientos rocosos, donde el guazubirá convive con otros ungulados exóticos.  Para el estudio se estableció una base de referencia local de secuencias trnL (UAA), incorporando registros de GenBank y secuencias obtenidas de especies nativas en el área de estudio.  Se recolectaron muestras fecales en verano e invierno, se extrajo y amplificó el ADN para análisis de metabarcoding, agrupando las muestras colectadas en cada estación. Para cada uno de los muestreos se obtuvieron 28,229 y 33,588 lecturas respectivamente, que en conjunto representaron 25 Unidades Taxonómicas Operativas (UTOs). Sin embargo, las especies Rubus ulmifolius y Schinus engleri fueron las más representadas con el 69.6 % de las lecturas de verano, para invierno el 68.7 % de las lecturas fueron para Schinus engleri.  Estos hallazgos indican que el guazubirá consume especies que tienen alto valor nutricional, lo cual podría relacionarse con la habilidad de esta especie a adaptarse a ecosistemas jóvenes y altamente productivos.  Este estudio demuestra la viabilidad de estudios de dieta basados en códigos de barras de ADN para ciervos neotropicales y proporciona información valiosa sobre los hábitos alimentarios del guazubirá en la "Reserva Natural Salus".  Se recomienda ampliar las bases de secuencias de referencia de especies nativas y explorar otros marcadores genéticos adicionales para mejorar el poder de discriminación a nivel de especie en los estudios de metabarcoding de especies vegetales.  Esta metodología es prometedora para futuras investigaciones, ya que los estudios de dieta tienen un impacto en el manejo de especies, la conservación del hábitat y los esfuerzos de conservación de la biodiversidad.

Biografía del autor/a

Mariana Cosse, Depto. de Biodiversidad y Genética, Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable

My research focuses on biodiversity conservation. Through the study of microevolution processes, I am interested in the basic information generation as an input for the development of management plans and territorial ordering. My work focuses on the study of Neotropical mammals, key species and indicators of health of ecosystems. I have specialized in the analysis of genetic markers and molecular ecology since they constitute a powerful tool to answer both basic and applied questions of evolutionary biology, behavioral ecology and conservation biology. I have also developed methods of analysis from non-invasive sampling, especially useful for working with elusive species or with conservation problems. I am concerned in understanding the effect of eco-ethological factors on genetic structure as well as the impact of anthropic processes on populations’ dynamics. I am interested too in the development and application of state-of-the-art methods such as mass sequencing for the sequencing data, several orders of magnitude higher than the classical methods, applied to species inventory and diet studies. At the same time, I have developed activities related to biological conservation by participating in different interdisciplinary working groups.

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Publicado

2024-01-31

Número

Vol. 15 Núm. 1 (2024)

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